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Salmonella spp., S. Typhimurium et ses variants monophasiques Imprimer Envoyer

 

Vicky Jasson, Pierre Wattiau, Hein Imberechts

Salmonella spp.

Le genre Salmonella appartient à la famille des Enterobacteriaceae et se divise en deux espèces S. enterica et S. bongori. S. enterica est l’espèce la plus courante. Elle se divise elle-même en six sous-espèces: S. enterica subsp. enterica, S. enterica subsp. salamae, S. enterica subsp. arizonae, S. enterica subsp. diarizonae, S. enterica subsp. houtenae et S. enterica subsp. indica. La majeure partie des Salmonella spp. retrouvées chez l’homme ou l’animal (productions primaires) appartient à l’espèce S. enterica subsp. enterica. L’identification de Salmonella (niveau espèce et sous-espèce) est réalisée au moyen de tests biochimiques. Les sous-espèces de S. enterica se répartissent ensuite en sérotypes: il en existe plus de 2600 différents qui sont associés à des “formules antigéniques” précises obtenues par agglutination de cultures des souches à identifier avec des antisérums spécifiques. Ces sérums sont dirigés contre les antigènes somatiques (O Ag, lipopolysaccharides), contre les antigènes des flagelles (H Ag, de nature protéique). La combinaison des antigènes O et H fournit une formule antigénique à laquelle correspond un sérotype. La liste complète des sérotypes répertoriés est décrite dans le schéma de Kauffmann-White que l’on trouve sur le website de l’Institut Pasteur. La combinaison espèce / sous-espèce / sérotype rend le nom complet des Salmonelles particulièrement long (p.ex. Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium); pour cette raison, une dénomination réccourcie telle que p.ex. Salmonella Typhimurium ou S. Typhimurium est acceptée.

 

S. Typhimurium

Tous les sérotypes de Salmonella sont en principe pathogènes pour l’homme. Il y a cependant certains sérotypes, dont Typhimurium, que l’on retrouve plus souvent associé à une maladie chez l’homme. La Figure 1 est extraite du schéma de Kauffmann-White et montre les antigènes somatiques et flagellaires de S. Typhimurium et d’autres sérotypes du sérogroupe O:4 qui expriment l’antigène flagellaire de phase 1 “H:i”.

Presentation2

 

Figure 1: Extrait du schéma de Kauffmann-White reprenant tous le sérotypes exprimant les antigènes O:4 et H:i.

Il existe des sérotypes qui expriment certains antigènes précis uniquement si ils sont infectés par des virus bactériophages particuliers. Ces antigènes sont par convention soulignés dans le schéma de Kauffmann-White, p.ex. O:1 chez le sérotype Typhimurium. Il existe par ailleurs des antigènes O et H qui peuvent être facultativement présents dans un sérotype donné sans être pour autant associés à un bactériophage. Ces antigènes sont par convention mentionnés entre parenthèses carrées [ ], p.ex. O:[5] chez le sérotype Typhimurium. Tant les antigènes soulignés que les antigènes entre parenthèses carrées ne définissent donc PAS le sérotype d’une souche et n’ont qu’une utilité épidémiologique, p.ex. pour discriminer des souches de terrain appartenant à un même serotype. Enfin, il existe des antigènes qui ne sont présents qu’en association avec d’autres (p.ex. l’antigène O:12 systématiquement trouvé chez tous les représentants du sérogroupe O:4 et l’antigène H1 toujours associé à H:2, H:5 ou H:6). En guise d’illustration, toutes les formules antigéniques suivantes correspondent au sérotype Typhimurium:

 

- 1,4,5,12:i:1,2

- 1,4,12:i:1,2

- 4,5,12:i:1,2

- 4,12:i:1,2

- 4,5:i:2

- 4:i:2

 

Les antigènes O:1, O:12 et H:1 ne sont pas discriminants pour reconnaître le sérotype d’une souche et ne sont dès lors pas systématiquement recherchés au laboratoire. Cela signifie que la recherche des antigènes O:4, H:i et H:2 suffit à reconnaître le sérotype Typhimurium. Pour des raisons épidémiologiques, le CERVA recherche toujours l’antigène O:5 et le résultat est mentionné sur les rapports d’essai (S. Typhimurium var. Classique / O:5+ et S. Typhimurium var. Copenhagen / O:5-).

 

Variants de S. Typhimurium

Comme mentionné ci-dessus, le sérotype Typhimurium peut se rencontrer sous forme de différentes combinaisons d’antigènes O ou H. Il existe à côté de ces différentes combinaisons des “variants” de S. Typhimurium reconnaissables à l’absence d’expression des antigènes de la première ou de la seconde phase flagellaire (respectivement 1,4,[5],12:-:1,2 et 1,4,[5],12:i:- appelés “variants monophasiques”) ou à l’absence totale d’expression des antigènes des 2 phases (1,4,[5],12:-:- appelé variant aphasique). Les variants monophasiques ou aphasiques sont parfois appelés Salmonella Typhimurium-like (EFSA Opinion, 2010). Le caractère diphasique, monophasique ou aphasique de certaines souches de S. Typhimurium est un caractère phénotypique auquel correspond un profil génétique particulier, par exemple l’absence du gène fljB qui encode la flagelline (c’est-à-dire l’antigène H) de seconde phase flagellaire. Les variants de S. Typhimurium dépourvus du gène fljB doivent être considérés comme aussi préoccupants que S. Typhimurium et possèdent les mêmes propriétés de virulence et d’antibiorésistance (EFSA Opinion, 2010). Récemment, le LNR Salmonella du CODA/CERVA a montré que des mutations génétiques survenues en dehors du gène fljB (plus précisément : dans la “région invertible” en amont de ce gène) étaient tout aussi fréquemment responsables du phénotype “monophasique” malgré la présence d’un gène fljB intact (Publication en prep).

Il est important de noter que en se basant uniquement sur le sérotype déterminé classiquement au moyen d’antisérums, il est impossible d’associer la formule antigénique partielle 1,4,[5],12:i:- à une souche de S. Typhimurium monophasique ou à une autre Salmonella monophasique dérivée du serotype Lagos, Agama, Farsta, Tsevie, Gloucester ou Tumodi (voir Figure 1). Des tests moléculaires sont nécessaires pour pouvoir identifier spécifiquement le sérotype parent correspondant.

 

 

Références qui concernent la problématique de la définition d’une S. Typhimurium monophasique

§ RÈGLEMENT (UE) No 517/2011 DE LA COMMISSION du 25 mai 2011 portant application du règlement (CE) no 2160/2003 du Parlement européen et du Conseil en ce qui concerne la fixation de l’objectif de l’Union en matière de réduction de la prévalence de certains sérotypes de salmonelles chez les poules pondeuses de l’espèce Gallus gallus et portant modification du règlement (CE) no 2160/2003 et du règlement (UE) no 200/2010 de la Commission

§ RÈGLEMENT (UE) No 200/2012 DE LA COMMISSION du 8 mars 2012 concernant un objectif de l’Union pour la réduction de la prévalence de Salmonella enteritidis et de Salmonella typhimurium dans les cheptels de poulets de chair, dont la fixation est prévue au règlement (CE) no 2160/2003 du Parlement européen et du Conseil

§ RÈGLEMENT (CE) N o 2160/2003 DU PARLEMENT EUROPÉEN ET DU CONSEIL du 17 novembre 2003 sur le contrôle des salmonelles et d'autres agents zoonotiques spécifiques présents dans la chaîne alimentaire

§ RÈGLEMENT (UE) No 1086/2011 DE LA COMMISSION du 27 octobre 2011 modifiant l’annexe II du règlement (CE) no 2160/2003 du Parlement européen et du Conseil et l’annexe I du règlement (CE) no 2073/2005 de la Commission en ce qui concerne les salmonelles dans les viandes fraîches de volaille

§ EFSA Panel on Biological Hazards (BIOHAZ); Scientific Opinion on monitoring and assessment of the public health risk of “Salmonella Typhimurium-like” strains. EFSA Journal 2010;8(10):1826.

Dans chacune des textes EU ci-dessus, il est fait référence à l’Opinion de l’EFSA (2010) qui considère les variants monophasiques de S. Typhimurium comme des souches à combattre sur base de leur parenté avec S. Typhimurium. En réalité, seule la formule antigénique du variant 1,4,[5],12:i:- est mentionnée dans la directive et non les autres formules possibles comme p.ex. 4,[5],12:i:- (oubli de ?législateur EU ?). Cette désignation partielle des variants monophasiques a des conséquences problématiques puisqu’elle sous-entend qu’il faut réserver une différence de traitement aux souches libellées avec l’antigène “1” de celles libellées sans (et qui n’a pas lieu d’être) avec des conséquences possibles en santé publique. De plus, la directive européenne ne se réfère que au sérotypage et non aux méthodes moléculaires pour identifier les Salmonelles monophasiques. Le Tableau 1 donne l’interprétation des résultats sur base du sérotypage (directive européenne), sur base du sérotypage complété d’un test PCR détectant fljB (EFSA opinion) et sur base du sérotypage complété de plusieurs PCR détectant fljB et la région invertible voisine (LNR Salmonella CERVA).

 

Tableau 1. Identification des variants monophasiques de S. Typhimurium selon différentes recommandations

 

1.     Selon la Directive EU

Test:

Sérotypage: basé sur les antigènes O- et H-

Résultat:

1,4,[5],12:i:-

4,[5],12:i:-

Conclusion:

S. Typhimurium monophasqiue; serotype à combattre.

S. Typhimurium monophasqiue (du groupe B); Sérotype à ne pas combattre.

2.     Selon l’opinion de l’EFSA

Test:

Sérotypage: basé sur les antigènes O- et H-

+ EFSA PCR: gène flagellaire de phase 2 (fljB) et région intergénique (fliB-fliA)

Résultat partiel de sérotypage:

1,4,[5],12:i:- ou 4,[5],12:i:-

Résultat de la PCR EFSA et conclusion:

a. fljB neg ; fliB-fliA pos:

S.Typhimurium monophasique.

 

b. fljB pos ; fliB-fliA pos:

S. Typhimurium

 

c. fljB neg ; fliB-fliA neg:

d. fljB pos ; fliB-fliA neg:

Ni S.Typhimurium ni un de ses variants.

3.     Selon le NRL Salmonella (CODA-CERVA)

Test:

Sérotypage: basé sur les antigènes O- et H-

+ EFSA PCR: gène flagellaire de phase 2(fljB) et région intergénique (fliB-fliA)+ PCR CODA-CERVA région invertible (Publication en prép.)

Résultat partiel de Sérotypage:

1,4,[5],12:i:- of 4,[5],12:i:-

Résultat PCR EFSA, PCR CODA-CERVA et conclusion:

a. fljB neg ; fliB-fliA pos:

S.Typhimurium monophasique.

 

b. fljB pos ; fliB-fliA pos ; PCR CODA -

S.Typhimurium monophasique.

 

c. fljB pos ; fliB-fliA pos ; PCR CODA +

Variant de S. Typhimurium. Caractère monophasique non-confirmé génétiquement.

 

d. fljB neg ; fliB-fliA neg:

e. fljB pos ; fliB-fliA neg:

Ni S.Typhimurium ni un de ses variants.

 

Addendum

Lors de la réunion annuelle du EU-RL Salmonella qui s’est tenue à Zaandam (NL) les 26 et 27 mai 2014, un responsable officiel de la Commission a reconnu les imprécisions de la législation européenne en ce qui concerne la désignation des variants monophasiques de S. Typhimurium et a confirmé que TOUS ces variants (avec ou sans antigène O :1 ou O :12) devaient être combattus avec la même priorité que le sérotype S. Typhimurium.